Đáng chú ý, nhằm tiếp tục phối hợp khắc phục ùn tắc giao thông, bảo đảm đồng bộ, thống nhất theo đề xuất của UBND thành phố Hà Nội, đối với tuyến có hành trình đi/đến các bến xe trên địa bàn Hà Nội, ưu tiên bố trí luồng tuyến đến/đi từ các tỉnh, thành phố vào các bến xe trên địa bàn theo nhu cầu và theo hướng tuyến cũng như tính kết nối với mạng lưới giao thông.

Cụ thể, các tuyến theo Quốc lộ 1, Quốc lộ 1B đi vào Bến xe Gia Lâm; các tuyến đi theo hướng đường Hồ Chí Minh, Quốc lộ 6 đi vào Bến xe Yên Nghĩa; các tuyến đi theo hướng Quốc lộ 32, cầu Thăng Long đi vào Bến xe Mỹ Đình; các tuyến phía Nam đi theo hướng Quốc lộ 1, cao tốc Pháp Vân - Cầu Giẽ đi vào Bến xe Nước Ngầm, Bến xe Giáp Bát và phù hợp với công suất bến xe đã công bố.

Đối với tuyến có hành trình đi qua địa bàn Hà Nội, các tỉnh phía Đông, Đông Bắc (của Hà Nội) theo hướng quốc lộ 5 (hoặc cao tốc Hà Nội - Hải Phòng hoặc quốc lộ 1A) - Vành đai 3 - cầu Thanh Trì - Vành đai 3 trên cao - Đại lộ Thăng Long - Quốc lộ 21 - Quốc lộ 6 (hoặc quốc lộ 32) - các tỉnh phía Tây, Tây Bắc và ngược lại.

Các tỉnh phía Đông, Đông Nam (của Hà Nội) theo hướng Quốc lộ 5 (hoặc cao tốc Hà Nội - Hải Phòng - Vành đai 3 - Quốc lộ 5) - đường Nguyễn Văn Linh - đường Lý Sơn - cầu Đông Trù - đường Trường Sa - đường Hoàng Sa - đường Võ Văn Kiệt - Quốc lộ 2 (hoặc cao tốc Nội Bài - Lào Cai) - các tỉnh phía Bắc, Tây Bắc và ngược lại.

Các tuyến có hành trình đi qua địa bàn Hà Nội nằm ngoài Vành đai 3 thì bố trí hành trình theo nhu cầu và đề xuất của Sở Giao thông - Vận tải hai đầu tuyến. Trong quá trình thực hiện, nếu việc tổ chức giao thông của Hà Nội có thay đổi thì thực hiện theo điều tiết, tổ chức giao thông của thành phố nhằm chống ùn tắc giao thông hoặc bảo đảm thi công xây dựng cầu, đường.