Tuy nhiên, do vẫn tồn tại một số khó khăn, vướng mắc, nên Tổng cục đã chỉ đạo các nhà cung cấp dịch vụ thu phí rà soát, khắc phục triệt để các lỗi phát sinh của hệ thống thu phí ETC. Ngoài ra, với các tuyến cao tốc thời gian tổ chức vận hành thu phí ETC toàn bộ đã được 1 tháng, Tổng cục Đường bộ Việt Nam đề nghị Cục Cảnh sát giao thông (Bộ Công an) xử phạt vi phạm hành chính đối với phương tiện chưa dán thẻ, hoặc đã dán thẻ nhưng không đủ điều kiện đi vào làn thu phí ETC theo quy định.