Xác định cải cách hành chính là một trong những nhiệm vụ quan trọng, T.X Phổ Yên đã quan tâm đầu tư cho bộ phận tiếp nhận và trả kết quả các cấp theo hướng liên thông hiện đại; trang bị hệ thống máy tính, máy in, camera, thiết bị tra cứu và các phần mềm hỗ trợ chuyên dụng; 18/18 xã, phường trên địa bàn có phòng làm việc riêng với cơ sở vật chất và thiết bị đáp ứng nhu cầu; 100% thủ tục được niêm yết công khai tại trụ sở và cổng thông tin điện tử của Thị xã. Cùng với đó, việc đơn giản thủ tục hành chính được chú trọng, nhất là những lĩnh vực người dân và doanh nghiệp có nhu cầu cao như: Đất đai, thuế, tư pháp, hộ tịch…

Bên cạnh kết quả đạt được, hạn chế đáng chú ý trong cải cách hành chính ở Phổ Yên là tỷ lệ tiếp nhận hồ sơ qua mạng còn thấp. Cụ thể, từ đầu năm tới nay mới có 177 hồ sơ, chiếm tỷ lệ khoảng 2,2%. Nguyên nhân là do người dân và nhiều doanh nghiệp chưa có thói quen sử dụng dịch vụ công trực tuyến, sợ thất lạc hồ sơ; trình độ tiếp cận công nghệ thông tin ở khu vực nông thôn hạn chế; hạ tầng công nghệ thông tin chưa thực sự đáp ứng đầy đủ các chức năng, tính năng kỹ thuật theo quy định. Đây cũng là nội dung được T.X Phổ Yên đặt mục tiêu tập trung khắc phục trong thời gian tới.